
L'attuazione del DUP è fondata in larga parte sul metodo della programmazione negoziata e prevede la predisposizione di Intese per l'integrazione delle politiche territoriali.
Il processo, dipanatosi compiutamente all'inizio del 2009, nell'arco di un anno ha consentito di definire pressoché tutte le Intese su base provinciale.
Nello specifico, è stata avviata dapprima la negoziazione per la costruzione ed approvazione di programmi di sviluppo condivisi, i Documenti Programmatici per l'attuazione della Politica regionale Unitaria e successivamente per l'approvazione e sottoscrizione delle Intese per l'integrazione delle politiche territoriali su base provinciale, i cui protagonisti sono stati la Regione, le Province, i Comuni, le Unioni di Comuni, le Comunità montane, in collaborazione con le forze economiche e sociali territoriali, per dare attuazione al quadro di priorità contenuto nei Documenti Programmatici.
Ad oggi, complessivamente le Intese sottoscritte comprendono 500 interventi, 330 finanziati con risorse DUP, 164 di questi sono relativi agli Obiettivi 9 e 10 finanziati con risorse FAS regionali.
Le Intese oscillano tra i 55 e i 90 milioni di Euro, con l'eccezione della provincia di Bologna che ha visto approvata una Intesa di un valore complessivo superiore, in virtù degli importanti investimenti per la mobilità sostenibile.